Kỹ thuật viên của EMI, Alan Parsons – người từng tham gia sản xuất album trước đó của Pink Floyd, The Dark Side of the Moon – từ chối đề nghị tiếp tục cộng tác từ ban nhạc (Parsons sau đó có được ngay thành công với dự án cá nhân The Alan Parsons Project)[8]. Ban nhạc từng cộng tác với kỹ thuật viên Brian Humphries trong bộ phim More tại phòng thu Pye Studios[9] và họ liền đề nghị anh một lần nữa vào năm 1974 sau khi sa thải một kỹ thuật viên thiếu kinh nghiệm[10]. Humphries cảm thấy cuốn hút với chất liệu mới của nhóm cho dù anh cũng gặp chút khó khăn khi không phải là người của Abbey Road Studios. Vô tình một lần Humphries đã làm lộ phần nhạc nền của ca khúc "Shine On" mà Waters và Mason đã cùng nhau chuẩn bị suốt nhiều giờ, vì thế toàn bộ ca khúc đã phải tiến hành thu âm lại[5][7][11].

Tại phòng thu số 3[12], ban nhạc sớm nhận thấy những khó khăn với những chất liệu mới, đặc biệt vì The Dark Side of the Moon đã làm cạn kiệt thể lực và sức sáng tạo của họ. Richard Wright miêu tả những buổi thu đầu tiên "rơi vào thời điểm vô cùng khó khăn" còn Roger Waters thì thấy quãng thời gian này như "tra tấn"[13]. Tay trống Nick Mason cảm thấy việc sử dụng máy thu đa-băng mất thời gian và tẻ nhạt[14], trong khi David Gilmour thì quan tâm nhiều hơn tới khả năng sử dụng chất liệu mới của ban nhạc. Gilmour cũng bắt đầu gia tăng đối đầu với Mason sau khi anh kết hôn với nhiều dèm pha và khó chịu, gây trở ngại trực tiếp tới khả năng chơi trống của anh[13]. Mason sau này cũng nói rằng những đánh giá của Nick Kent trên tờ NME đã ảnh hưởng tới ý tưởng tiếp tục làm việc cùng nhau của ban nhạc[15][16].

Tuy nhiên chỉ sau vài tuần, Waters liền thay đổi chủ đề của album[13]. Ba sáng tác của nhóm trong năm 1974 được nghiên cứu lại cho phù hợp với album, và chỉ còn "Shine On" được giữ lại như là hạt nhân của album lần này. Phần chơi nhạc cụ kéo dài tới hơn 12 phút của ca khúc có nhiều nét tương đồng với "Echoes" với phần gảy 4-nốt guitar mà Gilmour lấy cảm hứng từ Barrett[17]. Gilmour viết nên đoạn guitar hoàn toàn vô tình, song lại có được phản ứng vô cùng tích cực từ Waters[18]. Waters muốn tách ca khúc làm hai và xen vào giữa hai sáng tác mới. Gilmour phản đối và đề nghị ba ca khúc[19]. "Welcome to the Machine" và "Have a Cigar" phê phán trực tiếp ngành công nghiệp âm nhạc trong khi ca từ có nhiều liên hệ với "Shine On" khi nói về phút thăng hoa và gục ngã của Barrett[20]. "Vì tôi thực sự muốn càng sát với cảm xúc càng tốt... thực sự là rất khó miêu tả và lảng tránh sự hụt hẫng khi Barrett ra đi."[17] "Raving and Drooling" và "You Gotta Be Crazy" không còn chỗ trong chủ đề mới của album và được đưa vào album tiếp theo của ban nhạc, Animals (1977)[3].

Crazy diamond

Một trong những sự kiện quan trọng nhất trong quá trình thực hiện Wish You Were Here xảy ra vào ngày 5 tháng 6 năm 1975. Gilmour kết hôn lần đầu tiên với Virginia Hasenbein và cô theo ban nhạc trong tour diễn thứ hai của Pink Floyd tại Mỹ[gc 8]. Ban nhạc đang trong quá trình hoàn thiện "Shine On"[gc 9] và một người đàn ông béo, nhẵn nhụi cả tóc lẫn lông mày cầm theo một chiếc túi nhỏ bỗng xuất hiện[4]. Waters, vốn đang rất tập trung với phòng thu, đã không nhận ra người đàn ông trên. Wright thì không chắc chắn lắm về nhận định của mình. Người đàn ông tự giới thiệu mình là người quen của Waters đồng thời ngỏ ý muốn nói chuyện; và không lâu sau mọi người đều nhận ra đó là Syd Barrett[22]. Gilmour chợt nhớ ra rằng Barrett chính là một nhân viên của EMI[18], trong khi Mason thì không thể nhận ra anh."Thật kinh ngạc", Gilmour thốt lên. Trong bộ phim Inside Out, Mason nhớ lại cuộc trò chuyện với Barrett là "rời rạc và không hoàn toàn cảm động"[23]. Storm Thorgerson sau này có nói về sự xuất hiện của Barrett: "hai hay ba người trong số họ đã khóc. Anh ta ngồi xuống và nói chuyện chốc lát nhưng cũng không ở đó tới hết buổi thu."[24]

Nhanh chóng gạt đi những giọt nước mắt xúc động, Waters cũng được Barrett giới thiệu Andrew King – người đã thuật lại quá trình tăng cân của anh. Barrett kể rằng mình có một chiếc tủ lạnh rất lớn trong căn bếp, và anh đã ăn rất nhiều thịt lợn nướng. Anh cũng nói thêm rằng bản thân sẵn sàng trợ giúp ban nhạc, song sau khi nghe xong bản nháp của "Shine On", anh bỗng tỏ ý muốn quên đi lời đề nghị trên. Anh cũng tới dự lễ cưới của Gilmour diễn ra tại căng-tin của hãng EMI, tuy nhiên sau đó ra về mà không một lời chào tạm biệt. Kể từ ngày đó, không một thành viên nào của ban nhạc còn gặp lại Barrett cho tới khi anh qua đời vào năm 2006[25]. Cho dù phần ca từ đã được viết từ trước, sự xuất hiện của Barrett vẫn ảnh hưởng rất lớn tới phần còn lại của ca khúc, và phần chơi của Wright trong đoạn điệp khúc của đĩa đơn "See Emily Play" đã được bổ sung thêm vào đoạn cuối của "Shine On"[23].

Phòng thu

Tương tự với The Dark Side of the Moon, Pink Floyd tiếp tục sử dụng máy chỉnh âm EMS VCS 3 (trong "Welcome to the Machine"), nhưng với hiệu ứng nhẹ nhàng hơn phần chơi guitar acoustic của Gilmour và phần chơi định âm của Mason[5]. Đoạn mở đầu của "Shine On" được bổ sung bằng những đoạn thu dang dở của mà sau này được đặt tên là dự án Household Objects. Những cốc rượu được đổ đầy với mực chất lỏng khác nhau và âm thanh được thu âm bằng cách miết những ngón tay ướt quanh miệng những chiếc cốc bằng chất liệu thủy tinh này[gc 10]. Những phần thu trên được đưa vào phần hòa âm đa-băng[3] rồi trở thành phần mở đầu của "Shine On".

Hai nghệ sĩ vĩ cầm Stéphane Grappelli và Yehudi Menuhin được mời tham gia vào album khi đang thu âm ở phòng thu kế bên. Menuhin ngồi xem Grappelli chơi trong ca khúc "Wish You Were Here" song cuối cùng ban nhạc thống nhất rằng phần chơi violon đó không phù hợp và cho tới tận năm 2011, hầu hết người nghe đều cho rằng tiếng violon đã bị xóa bỏ[26][27]. Thực tế, phần chơi này vẫn tồn tại nhưng nó được chỉnh rất nhỏ trong đoạn cuối của ca khúc tới mức ban nhạc không thể đưa tên Grappelli trong thành phần tham gia sản xuất[28]. Họ đã trả 300£ cho phần đóng góp này (tương đương với khoảng 2.100£ vào năm 2014)[29]. Dick Parry phụ trách saxophone trong "Shine On You Crazy Diamond"[16]. Những phần âm thanh mở đầu của ca khúc "Wish You Were Here" được thu với chiếc radio trong xe của Gilmour vào lúc có ai đó bắt đầu giới thiệu về chương cuối bản Giao hưởng số 4 của Tchaikovsky[30].

Giọng hát

Quá trình thu âm diễn ra xen kẽ tour diễn tại Mỹ của ban nhạc (vào tháng 4 và tháng 6 năm 1975)[31] và giai đoạn cuối cùng diễn ra sau buổi diễn của nhóm tại Knebworth lại khiến Waters lo lắng[19]. Anh cảm thấy phần hát của "Have a Cigar" rất tệ và chấp nhận thu âm nhiều lần nhằm có được bản thu ưng ý. Vấn đề chủ yếu là do giọng hát có phần hạn chế của bản thân anh, mặt khác cũng do anh quá tập trung luyện giọng cho phần hát ca khúc "Shine On". Gilmour đề nghị hát thay thế song bị Waters từ chối[26], và người bạn thân lâu năm Roy Harper xin được tham gia. Harper lúc đó cũng đang thu âm album của riêng mình trong một phòng thu khác ở Abbey Road Studios và Gilmour thì cũng đang chơi guitar lót cho anh. Waters sau này tỏ ra tiếc nuối vì quyết định này và cho rằng đáng lẽ mình nên hát trong ca khúc trên[32]. Venetta Fields là người hát nền trong ca khúc "Shine On"[16].